Fácil:
1. Instalo gtk-chtheme desde synaptic, urpmi, Terminal…
apt-get install gtk-chtheme
2. Lo ejecuto (Alt+F2 y escribo gksu gtk-chtheme)
3. Clic en el tema que quiera poner a las ventanas de root
NOTA: ese tema antes ha de ser copiado de la carpeta .themes que está en el home a la carpeta themes de /usr/share. Eso lo puedo hacer con una simple orden después de haber instalado el tema como siempre arrastrándolo sobre la ventana de la aplicación Apariencia:
cp -rv ~/.themes/nombredelacarpetadeltema /usr/share/themes
Nota2: para saber el nombre de la carpeta del tema abro mi carpeta home desde nautilus, activo la opción en el menú Ver de Mostrar carpetas ocultas y entro en la que se llama .themes, ahí están todos.
4.Clic en Aplicar y Aceptar
Y pista.

